Проблема в том, что ваша группирующая переменная имеет более двух уровней, когда t.test требует, чтобы вы не могли иметь более двух уровней.
Вот воспроизведение вашей ошибки:
library(tidyverse)
##This will reproduce your error
##Create some fake data
data_test <- tibble(measure = c(rnorm(100,30,5),rnorm(100,15,5)),
group = factor(rep(c("A","B","C"),c(95,95,10))))
table(data_test$group) ##Notice that you have three levels
#Try to run the test
t.test(measure~group, data = data_test, paired = TRUE)
Вот пример, который будет запускаться
##This will not result in a error, because you only have two groups
data_test2 <- tibble(measure = c(rnorm(100,30,5),rnorm(100,15,5)),
group = factor(rep(c("A","B"),c(100,100))))
table(data_test$group) ##Notice that you have the required two levels
t.test(measure~group, data = data_test2,paired = TRUE) ##Test will now run
Еда на вынос: Проверьте количество уровней в ваших данных.Если их больше двух, перекодируйте или удалите их.