iOS разрешает сторонние сертификаты.Вы просто должны явно доверять им.
Открыть Настройки -> Общие -> О программе -> Настройки доверия сертификата и включить доверие для сертификата разработки.
Это сделано для того, чтобы никто не получил установленный сертификат MITM.в случае аварии.
Мы используем это все время с iOS 11.3 с mitmproxy