knitr, pandoc: Как подготовить ZIP-файл для отправки журнала TeX из файла Rmd? - PullRequest
Новая
       17

knitr, pandoc: Как подготовить ZIP-файл для отправки журнала TeX из файла Rmd?

0 голосов
/ 14 мая 2018

Комбинация knitr, pandoc и R Studio отлично подходит для написания научных работ в формате .Rmd, но теперь, когда моя статья принята, я озадачен тем, как подготовить файл .zip, содержащий весь LaTeXисточники, необходимые для журнала.Мне были даны следующие инструкции: 

 INSTRUCTIONS FOR AUTHORS
 WE ASK THAT YOU UPLOAD YOUR SOURCE FILES AT THIS TIME.
 Please upload the following:
 • A PDF of your final paper
 • The TeX or Word file containing your final paper
 • All figure files as separate files
 • Any additional files needed to compile your article. For example, .bbl and .bib files if you used BiBTeX (and we hope you did!), and any special macros
 • Any files to be posted as online supplementary material

Когда я пишу напрямую в LaTeX, у меня для этого есть рабочий процесс, который по существу создает Makefile для создания article.zip из article.{tex,aux,log} и всех других зависимостей.когда я набираю make zip в каталоге статьи.

Этот рабочий процесс не работает с файлами PDF, созданными с помощью knitr и pandoc.

  • Все производится водин файл PDF.Я могу получить файл .tex, включив в заголовок YAML keep_tex: yes, но article.aux или article.log не производится.Следовательно, я не могу использовать какие-либо стандартные инструменты для поиска зависимостей, в частности, файлы рисунков, которые используются с \includegraphics{}.

  • Библиографические ссылки включены в виде pandoc вarticle.tex файла, но они, похоже, отформатированы таким образом, что журналу будет сложно выпустить статью в своем конкретном формате.Он не использует \bibitem, а просто форматирует ссылки напрямую, например,

\ hypertarget {ref-Van_Aelst: 2011} {} Aelst, SV, \& Willems, G. (2011).Надежные и эффективные односторонние тесты MANOVA.\ emph {Журнал Американской статистической ассоциации}, \ emph {106} (494), 706-718.\ url {http://doi.org/10.1198/jasa.2011.tm09748}

Редактировать Я должен добавить, что причина, по которой мне нужно использовать aux2bib или bibtool, заключается в том, что мои ссылки извлекаются из различных .bib файлы: 

bibliography: 
  - "../localtexmf/bibtex/bib/statistics.bib"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/graphics.bib"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/Rpackages.bib"

1 Ответ

0 голосов
/ 15 мая 2018

Если вы производите article.Rmd с 

output: 
  pdf_document:
    citation_package: natbib
    keep_tex: true
bibliography: 
  - "../localtexmf/bibtex/bib/statistics"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/graphics"
  - "../localtexmf/bibtex/bib/Rpackages"

вы должны получить то, что хотите, с LaTeX, оставленным в article.tex, и с цифрами, оставленными где-то в подкаталоге article_files. Вы просто получите строку, как 

\bibliography{../localtexmf/bibtex/bib/statistics,../localtexmf/bibtex/bib/graphics,../localtexmf/bibtex/bib/Rpackages}

в файле article.tex; у вас должна быть возможность создавать собственные файлы aux и bbl, если они вам нужны обычным способом LaTeX / BibTeX.

Отредактировано, чтобы добавить: вместо 

    citation_package: natbib

вы можете использовать 

    citation_package: biblatex

Это несколько более новый и более гибкий набор пакетов LaTeX для обработки ссылок и цитат. См. https://tex.stackexchange.com/questions/25701/bibtex-vs-biber-and-biblatex-vs-natbib для обсуждения и сравнения. Я хотел бы упомянуть об этом, потому что если вы решите использовать biblatex, то вам необходимо сохранить расширения .bib в файлах библиографии. А если вы переключитесь с natbib на biblatex, вам нужно удалить файл .bbl, созданный natbib, чтобы biblatex мог создать свой собственный файл в другом формате.

...