Я сам не знаком с термином «Программа на системном уровне», но если это похоже на «Программирование на системном уровне», то это связано с написанием довольно низкоуровневого кода, который напрямую взаимодействует с «системой». (обычно это определенное оборудование / платформа / архитектура / и т. д.) и каким-то образом абстрагирует его ( Системное программирование ), чтобы можно было писать программы более высокого уровня, которые могут быть независимыми от системы.
Ваш вопрос, похоже, связан с тем, в чем разница между "системным программированием" и прикладным программированием. Такие функции, как open (), printf () и т. Д., Предполагают наличие базовых системных вызовов и, в некотором смысле, высокого уровня. Тем не менее, грань между программированием на уровне системы и на уровне приложений размыта и сместилась в умах многих людей. Сейчас многие считают, что любая программа, написанная на таких языках, как C или C ++, является системно-ориентированной программой, которая 15 лет назад не была переносимой.
Итак, если вы спрашиваете, в чем состоит различие между программированием на уровне приложений и системного уровня, то вам нужно много читать. Посмотрите на связанную статью в Википедии. Это должно дать вам хорошую отправную точку.