Хорошо, я нашел виновника, который модифицирует httpd.conf. Это сама страница панели инструментов!
В моем случае на рабочем столе была настроена виртуальная сеть (для запуска ОС Linux в ВМ), поэтому IP-адрес «локальной сети» всегда не совпадает с IP-адресом, установленным в моей сети Ethernet.
В dashboard index.php (C: \ Program Files (x86) \ EasyPHP-Webserver-14.1b2 \ dashboard \ index.php) есть код для проверки обоих IP-адресов, если он не совпадает с исходным. перезаписывается снова. Чтобы предотвратить перезапись, я закомментировал соответствующие коды:
// file_put_contents('..\binaries\httpserver\conf\httpd.conf', $httpdconf);
Это, конечно, только предотвращает перезапись. Проблема с IP была решена путем отключения виртуальной сети.