Перейдите к Run -> Edit Configurations -> Defaults, выберите значение по умолчанию, которое вы используете во время тестирования (например, Application для обычных программ на Java или JUnit для тестов JUnit) и измените там переменные среды. Теперь добавленные вами новые конфигурации (например, при запуске нового теста) будут иметь эти настройки.
Обратите внимание, что старые конфигурации (например, программы, которые вы уже запускали) не будут затронуты. Вам необходимо удалить существующие конфигурации, чтобы они были воссозданы с новыми настройками по умолчанию. Выберите каждую конфигурацию, которой нет в Defaults, и нажмите del или красный знак минуса.