Это зависит от архитектуры, которую вы хотите построить.
Если вам нужен один централизованно управляемый компонент рабочего процесса, с которым взаимодействуют несколько разных приложений, то лучше всего использовать одну базу данных.
Otoh, если рабочий процесс специфичен только для некоторых приложений, лучше хранить базы данных отдельно. Таким образом, вы можете обновить jBPM позже в некоторых приложениях и оставить его как есть в других.
Но вы также можете выбрать отдельную БД для каждого приложения, даже если их много. Таким образом, производительность во время выполнения остается на высоком уровне, поскольку нет огромной таблицы для управления)
Как видите, jBPM очень гибок в том, как встроить его в вашу архитектуру. Таким образом, вам нужно будет сделать анализ для себя и решить, какой подход лучше, учитывая текущие и будущие изменения вашей архитектуры.