Простой способ - сохранить PDF-файл в хранилище BLOB-объектов (например, AWS S3 или GCS). Эти хранилища вернут уникальный идентификатор хранимого объекта. В MySql сохраните все необходимые метаданные, а также ссылку на сохраненный объект для последующего извлечения.
Если вы не хотите добавлять дополнительное хранилище, сериализуйте PDF-файл в байты и сохраните его непосредственно в строке в столбце.