Что вы можете сделать, это сохранить состояние вашей карусели следующим образом:
let isBlocked = false;
const owl = $(".owl-carousel")
owl.owlCarousel({
items: 1,
loop: true,
autoplay: true,
autoplayTimeout: 5000,
autoplayHoverPause: true,
nav: true
});
$(".owl-item").click(function(){
// trigger which event should be fired
if(isBlocked) {
owl.trigger('stop.autoplay.owl');
else {
owl.trigger('play.autoplay.owl', [1000])
}
$(this).toggleClass('active');
isBlocked = !isBlocked
});