Вы должны назначить innerHTML div "DisplayVar" после его создания.
<head>
<script type="text/javascript">
// or source to MyJS.js
var a = 1;
</script>
</head>
<body>
<div id="DisplayVar"></div>
<script>
if(document.getElementById("DisplayVar"))
document.getElementById("DisplayVar").innerHTML = a;
</script>
</body>
См. codepen , я добавил ссылку на внешний файл js и использовал один изпеременные, определенные там.
Я также изменил положение встроенного скрипта.Он должен быть помещен после создания целевого элемента div.