Сложно говорить о различиях, потому что они не имеют к этому никакого отношения. Mysql - это система управления реляционной базой данных, а Hadoop - это набор утилит для выполнения распределенной работы в кластерах, где ядром системы является распределенная файловая система HDFS или hadoop.
Поэтому, когда вы пишете скрипт для Mysql, вы делаете это на SQL и делаете это для манипулирования данными или для определения данных реляционных таблиц
Когда вы пишете скрипт для Hadoop, вы можете использовать сценарии оболочки или другой язык программирования, и вы можете делать это для манипулирования файлами или для распределения работы в вашей системе (с помощью MapReduce).
Может быть, человек, который задал вам вопрос, не знал различий или хотел, чтобы вы их показали.