Создайте частичный класс и добавьте свойство Children (или то, что имеет смысл).
public IList<MyClass> Children.
Затем, где-нибудь в методе (в вашем репо, BLL, как угодно), выполните цикл и загрузите:
var items=MyClass.All().ToList();
items.ForEach(x=>x.Children=items.Where(y=>y.ParentID==x.ID).ToList());