Хм. Я сам не использовал shadowbox, но если вы посмотрите на то, как страница предлагает вам настроить shadowbox, то, похоже, что-то не так.
Как я понимаю, вы хотите, чтобы файл SWF открывался при нажатии на изображение; Разве вы не должны ставить игроков: тогда swf?
Ваш код также не отображается, если вокруг вашего img есть ссылка и есть ли у этой ссылки атрибут rel = "shadowbox".
Я думаю, это должно быть настроено примерно так:
<script type="text/javascript">
Shadowbox.init({
language: "en",
players: ["swf"]
});
</script>
<a href="myflashfile.swf" rel="shadowbox"><img alrt="click here to open swf file" src="imgofflash.jpg"/></a>