Просто используйте отдельный StringVar
для каждого Label
.В настоящее время вы просто передаете один и тот же ярлык всем ярлыкам, поэтому при его обновлении все они обновляются вместе.
Вот пример.Вы не дали полностью работоспособную программу, поэтому мне пришлось заполнить пробелы.
from tkinter import Tk, Label, StringVar
root = Tk()
list1 = [1,2,3,4,5]
list2 = [6,7,8,9,10]
for v1, v2 in zip(list1, list2):
item_values = '{} {}'.format(v1, v2)
sv = StringVar()
lbl = Label(root, width="100", height="2",textvariable=sv).pack()
sv.set(item_values)
root.mainloop()