MySQL, вероятно, не может или не знает, куда записывать журнал ошибок.
Убедитесь, что каждый каталог и файл, указанный в my.cnf, существует, доступен для записи и принадлежит пользователю mysql.
С файлами я имею ввиду например
basedir = /var/lib/mysql
tmpdir = /var/lib/mysql/tmp
С файлами я особенно имею в виду
log-error = /var/log/mysql/mysqld-error.log
Тогда вы должны увидеть что-то в журнале ошибок, если проблема все еще существует.