Просто присвойте имена строк новому столбцу:
df$x <- rownames(df)
df <- df[,c("x", "y")]
Второй шаг необходим только в том случае, если по какой-то причине вам важен порядок столбцов.
Если вы также хотитечтобы вернуть имена строк в числовую последовательность, которая была бы у них по умолчанию, вы можете сделать это с помощью:
rownames(df) <- seq(nrow(df))