Пробег
ALTER TABLE my_table_name ENGINE=PBXT;
для каждого из ваших столов. Если у вас много таблиц, посмотрите на Maatkit как на возможное решение для автоматизации. С ним вы бы сделали что-то вроде:
mk-find <db_name> --engine InnoDB --exec "ALTER TABLE %D.%N ENGINE=PBXT" --print