Я бы использовал SVN (Subversion).
Вы можете использовать SVN в «файловом» режиме (без использования сети).
объедините это с tortoiseSVN, который интегрируется в проводник, и у вас есть небольшой портативный репозиторий.
Для интеграции с Visual Studio есть коммерческий ($ 49) VisualSVN (который, я считаю, является установкой, используемой для разработки StackOverflow).
Кто-то также упомянул AnkhSVN, который я не использовал, но некоторые люди находят его менее чем удовлетворительным.