Я понимаю, что у вас есть Java-программа, которая одновременно запускает две разные модели CPLEX, и вы хотите прервать поиск одной модели, а не другой. Я не вижу другого способа сделать это, кроме как отслеживать объект CPLEX, который используется для решения этих моделей.
Если две модели работают одновременно, они должны быть созданы в двух разных объектах CPLEX. Держа эти два объекта рядом, вы можете прервать один, а не другой.