Вы можете сделать это с помощью регулярного выражения: оно удалит все до 'Take' и после символа подчеркивания:
vec<- c("D20181116_Basel-Take1_digital",
"D20181116_Basel-Take2_digital",
"D20181116_Basel-Take3_digital",
"D20181116_Basel-Take4_digital",
"D20181116_Basel-Take5_digital",
"D20181116_Basel-Take5a_digital")
sub(".*?Take(.*?)_.*", "\\1", vec)
[1] "1" "2" "3" "4" "5" "5a"