у нас была похожая проблема с версионированием maven, поэтому решение для нас заключалось в том, что мы создали две отдельные работы Jenkins, и мы не используем buildnumber-maven-plugin (не поймите меня неправильно, возможно, мы также неправильно настроили плагин,но дело в том, что нам не удалось использовать его так, как мы хотим)
в любом случае, решение состояло из двух отдельных заданий Jenkins, одно для CI (без увеличения версии) и другое для Release.Во-вторых, мы сами делаем версию в складке внутри конвейерного скрипта.