Используйте replaceAll.
String str = "(1234-5869)|990-9797";
System.out.println(str.replaceAll("\\D", " ")); // " 1234 5869 990 9797"
Чтобы получить их в массив:
String[] arr = str.split("\\D");
System.out.println(Arrays.toString(arr)); // [, 1234, 5869, , 990, 9797]
Затем вы можете превратить их в строку с циклом и StringBuilder
или чем-то подобными обрезать все пустые значения.