Вы можете сделать это, и может быть несколько способов, в зависимости от тонкого клиента, который обращается к очереди. Пример, приведенный @pjp, будет работать при условии, что у вас есть правильные файлы jar для доступа к рассматриваемому серверу, включая jar, который предоставит вашему приложению экземпляр JNDI. Эти файлы должны предоставляться поставщиком и могут включать инструкции о том, как подключиться без использования JNDI. Хотя я думаю, что метод JNDI является самым простым и поддерживает согласованность кодирования как на сервере, так и за его пределами.
У каждого поставщика будут разные jar-файлы для обеспечения клиентского доступа, в случае IBM они различаются для внутреннего JMS-провайдера и для WebSphere MQ (поскольку они представляют собой две разные реализации).