Красящие кластеры в ggdendro с длинными метками - PullRequest
Новая
       74

Красящие кластеры в ggdendro с длинными метками

0 голосов
/ 23 января 2019

Я создаю дендрограммы, используя ggdendro и раскрашиваю их в соответствии с точками среза в ветвях. Я использую подход, предложенный @jlhoward в этом вопросе ( Colorize Clusters в Dendogram с ggplot2 ), но я сталкиваюсь с проблемами, когда мои листовые метки очень длинные.

Вот пример кода: 

df   <- USArrests 
labs <- paste("veryverylongtitlename",1:50,sep="")
rownames(df) <- labs

library(ggplot2)
library(ggdendro)
hc       <- hclust(dist(df), "ave")           # heirarchal clustering
dendr    <- dendro_data(hc, type="rectangle") # convert for ggplot
clust    <- cutree(hc,k=2)                    # find 2 clusters
clust.df <- data.frame(label=names(clust), cluster=factor(clust))
# dendr[["labels"]] has the labels, merge with clust.df based on 
label column
dendr[["labels"]] <- merge(dendr[["labels"]],clust.df, by="label")
# plot the dendrogram; note use of color=cluster in geom_text(...)
ggplot() + 
  geom_segment(data=segment(dendr), aes(x=x, y=y, xend=xend, 
yend=yend)) + 
  geom_text(data=label(dendr), aes(x, y, label=label, hjust=0, color=cluster), 
       size=3) +
  coord_flip() + scale_y_reverse(expand=c(0.2, 0)) + 
  theme(axis.line.y=element_blank(),
    axis.ticks.y=element_blank(),
    axis.text.y=element_blank(),
    axis.title.y=element_blank(),
    panel.background=element_rect(fill="white"),
    panel.grid=element_blank())

enter image description here

Как видите, ярлыки здесь обрезаются. Я нашел этот ответ ( уменьшить размер дендограммы (или оси Y) ggplot ), но я не хочу его использовать, потому что мне очень нравится возможность использовать cutree для определения моих кластеров. Как я могу манипулировать приведенным выше кодом, чтобы соответствовать длинным меткам? Большое спасибо!

...