Обычный способ сделать это с помощью файла свойств - это иметь все версии свойства в этом файле и иметь логику для их выбора в реальном коде Java.Например, если вам нужны разные значения свойств для каждой операционной системы, у вас может быть что-то вроде
file.limit.windows = 500
file.limit.mac = 1000
file.limit.linux = 2000
, а затем есть код Java, который делает что-то вроде
properties.getProperty("file.limit." + operatingSystemName);