Запустите Atom, нажав на значок в папке «Программы». После запуска Atom перейдите в меню Atom и нажмите «Установить команды оболочки». В следующий раз, когда вы захотите запустить atom, введите atom в командной строке терминала. Если это не сработает, попробуйте добавить следующее утверждение в ваш .bash_profile
alias atom="Applications/Atom.app/Contents/MacOs/Atom"