Я думаю, вы должны использовать (столбец id для подсчета) здесь:
->addSelect('count(l) AS cnt')
Примерно так, но если вы покажете свою сущность, я могу предложить правильное решение:
$this->qb->select('l')
->addSelect('count(l.id) AS cnt')
->addSelect('hour(l.time) AS date_hour')
->from(Logs::class, 'l')
->where('l.header = :header')
->groupBy('l.value')
->addGroupBy('date_hour')
->setParameter('header', 'someheader')
$count = $qb->getQuery()->getSingleScalarResult();