Почему бы не попробовать использовать byte [] или json вместо protobuf?
1: Используя byte [], когда вы создаете данные, вы можете вызвать com.google.protobuf.Parser<YourStruce>
для первоначального анализа ваших данных.
2: Используя json, метод com.google.protobuf.util.JsonFormat.Parser.merge(String json, Message.Builder builder)
также может быть полезен.