Значение по умолчанию для sqlMigrationSuffixes
- строчные буквы .sql.
.
Суффиксы файлов 2 и 3 - прописные: .SQL
.
Переименуйте файлы, чтобы использоватьсуффикс в нижнем регистре или переопределение по умолчанию, добавив:
-sqlMigrationSuffixes=.sql,.SQL
в раздел Other command line arguments
в Jenkins.