Просто создайте файл RDP, запишите его на диск и запустите mstsc с файлом rdp в качестве параметра.
Для удаленного приложения важны следующие строки (здесь в примере для MSPaint):
remoteapplicationmode:i:1
alternate shell:s:||mspaint
remoteapplicationprogram:s:||mspaint
remoteapplicationname:s:Paint