Благодаря ответу @Mike W я получил еще больше.
Поскольку наши сборки основаны на maven, нам нужно добавить свойство sonar.source в файл pom.xml:
<sonar.sources>pom.xml,src/main,src/test</sonar.sources>
К сожалению, эта опция недоступна в пользовательском интерфейсе настроек.
Другая проблема заключается в том, что если одна из папок в этом списке не существует, анализ не выполняется. Поскольку у нас есть проекты, в которых есть отличный код, а другие нет, мы не можем поместить эту конфигурацию в родительский pom в том же месте, что и serverUrl.
На данный момент кажется, что единственный способ справиться с этим - определить свойства sonar.sources в каждом проекте, где используется не только код Java.