Создать как?
Из Visual Studio? Откройте обозреватель серверов и добавьте новое подключение для передачи данных. Выберите SQL Compact в качестве источника данных, дайте ему имя файла и нажмите «Создать».
Из кода? Используйте класс SqlCeEngine. Дайте ему строку подключения и вызовите Create.