Какой уровень сервера SQL Azure вы подготовили для работы SSISDB? Если он слишком мал, может потребоваться слишком много времени для запуска и выбрасывания таймаута.
Лично у меня не было проблем с подготовкой S3 Azure Sql Server.
Надеюсь, это помогло!
Martin