Вопрос лучше всего подходит для securitystackexchange
, но вот несколько подсказок:
1) Вам нужно, чтобы все ваши запросы прошли через ssl.
2) ajax и javascript не имеют ничего общего с внедрением SQL. Вы должны использовать подготовленные операторы для запроса базы данных, чтобы избежать внедрения SQL.
3) экранирование html (если вы действительно ссылались на это, это нужно сделать перед выводом html на экран)
4) Вы должны защищать свои формы, включая форму входа против атак csrf. Вы можете сделать это с помощью одноразового номера.
6) После успешного входа в систему вы должны создать новый сеанс.