Если вы хотите, чтобы круг в координатах данных казался круглым в экранных координатах, вам нужно установить соотношение сторон осей равным.
Вы можете выбрать
ax.set_aspect("equal")
для масштабирования осей.
Или вы можете выбрать
ax.set_aspect("equal", adjustable="datalim")
чтобы масштабировать данные
Если вместо этого вы хотите создать окружность в экранных координатах напрямую, вы можете использовать точечный график.
import matplotlib.pyplot as plt
fig, ax = plt.subplots()
ax.scatter([.5], [.5], s=10000, edgecolor="k", facecolor="none")
ax.grid(color='r', linestyle='-.', linewidth=1)
ax.axis([0,1,0,1])
plt.show()