Разница:
1) с помощью SSE вы получаете обновления для вашего Front-End .
2) используя веб-хук вы извлекаете обновления для Back-End .
Первый проще, проще в реализации и управлении.
Второй более безопасный / надежный.
Кроме того, на некоторых серверах может быть реализован длинный опрос, который будет задерживать ответ до поступления новых данных, поэтому он может использоваться вместо SSE.