Rcpp - sourceCpp - неопределенный символ

Question

Я использую Rcpp, чтобы получить самописный C ++ в R.

У меня есть 3 следующих файла C ++

header.h

#include <Rcpp.h>
int x();

def.cpp

#include <Rcpp.h>
#include "header.h"
// [[Rcpp::export]]
int x()
{
  return 0;
}

call.cpp

#include <Rcpp.h>
#include "header.h"

// [[Rcpp::export]]
int callx(){
  return x();
}

После успешной компиляции я могу вызвать функцию callx(), а также x() из R

R> callx()
[1] 0
R> x()
[1] 0

Но когда я пытаюсь найти файл call.cpp, используя cppSource, я получаю ошибку

> Rcpp::sourceCpp('src/call.cpp')
Error in dyn.load("/tmp/RtmpNpOnpJ/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-0.12.16/sourcecpp_3a47f828d0d/sourceCpp_2.so") :
unable to load shared object '/tmp/RtmpNpOnpJ/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu-0.12.16/sourcecpp_3a47f828d0d/sourceCpp_2.so':
/tmp/RtmpNpOnpJ/sourceCpp-x86_64-pc-linux-gnu
0.12.16/sourcecpp_3a47f828d0d/sourceCpp_2.so: undefined symbol: _Z1xv

Для компиляции я использую R CMD INSTALL, который включает следующие шаги:

g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/lib/R/library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/lib/R/library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c call.cpp -o call.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/lib/R/library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c def.cpp -o def.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o linkingtest.so RcppExports.o call.o def.o -L/usr/lib/R/lib -lR

Answer 1

Я действительно не понимаю, почему некоторые люди так против создания пакетов.

Вот быстрое копирование и вставка экрана, полного вывода, соответствующего пяти командам , дающего мне именно то, что вы хотели с вашими точными входными файлами .

Пять простых шагов.

Шаг первый: создайте заполнитель пакет для Rcpp

edd@rob:/tmp/flappix$ Rscript -e 'Rcpp::Rcpp.package.skeleton("stubborn")' 
Creating directories ...                                                                                                                                                                                                   
Creating DESCRIPTION ...                                                                                     
Creating NAMESPACE ...                                 
Creating Read-and-delete-me ...                          
Saving functions and data ...                          
Making help files ...                                                                                                                                                                                                      
Done.                                                                                                        
Further steps are described in './stubborn/Read-and-delete-me'.

Adding Rcpp settings                                                         
 >> added Imports: Rcpp                                                                                                                                                                                                    
 >> added LinkingTo: Rcpp                                                                                    
 >> added useDynLib directive to NAMESPACE            
 >> added importFrom(Rcpp, evalCpp) directive to NAMESPACE
 >> added example src file using Rcpp attributes      
 >> added Rd file for rcpp_hello_world                                                                                                                                                                                     
 >> compiled Rcpp attributes                                                                                 
 edd@rob:/tmp/flappix$

Шаг второй: скопируйте точные три исходных файла

edd@rob:/tmp/flappix$ cp -vax header.h def.cpp call.cpp stubborn/src/                                        
'header.h' -> 'stubborn/src/header.h'                 
'def.cpp' -> 'stubborn/src/def.cpp'                      
'call.cpp' -> 'stubborn/src/call.cpp'  
edd@rob:/tmp/flappix$

Шаг третий: Запустите compileAttributes(), чтобы обновить экспорт

edd@rob:/tmp/flappix$ cd stubborn/                         
edd@rob:/tmp/flappix/stubborn$ Rscript -e 'Rcpp::compileAttributes()'
edd@rob:/tmp/flappix$

Шаг четвертый: собрать пакет

edd@rob:/tmp/flappix/stubborn$ R CMD build .             
* checking for file ‘./DESCRIPTION’ ... OK                                                                   
* preparing ‘stubborn’:                                                                                      
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK        
* cleaning src                                                                           
* installing the package to process help pages        
* saving partial Rd database                                                                                 
* cleaning src                                        
* checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts                                    
* checking for empty or unneeded directories          
* building ‘stubborn_1.0.tar.gz’                                                                             
edd@rob:/tmp/flappix$                                                          

Шаг пятый: установите его

edd@rob:/tmp/flappix/stubborn$ R CMD INSTALL stubborn_1.0.tar.gz
* installing to library ‘/usr/local/lib/R/site-library’
* installing *source* package ‘stubborn’ ...                                                                 
** libs                                               
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe  -Wno-misleading-indentation -Wno-unused -Wno-ignored-attributes -Wno-deprecated-declarations -marc
h=native -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o          
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe  -Wno-misleading-indentation -Wno-unused -Wno-ignored-attributes -Wno-deprecated-declarations -marc
h=native -c call.cpp -o call.o                                                                 
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe  -Wno-misleading-indentation -Wno-unused -Wno-ignored-attributes -Wno-deprecated-declarations -marc
h=native -c def.cpp -o def.o                                                          
ccache g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe  -Wno-misleading-indentation -Wno-unused -Wno-ignored-attributes -Wno-deprecated-declarations -marc
h=native -c rcpp_hello_world.cpp -o rcpp_hello_world.o   
ccache g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o stubborn.so RcppExports.o call.o def.o rcpp_hello_world.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/stubborn/libs                  
** R                                                                                                         
** preparing package for lazy loading                    
** help                                                          
*** installing help indices                           
** building package indices                                                                                  
** testing if installed package can be loaded
* DONE (stubborn)
edd@rob:/tmp/flappix/stubborn$ 

И он явно загружается, поскольку автоматически ссылается на все исходные файлы в src/.

Answer 2

sourceCpp предназначен для единичных блоков перевода, которые компилируются и связываются, что обычно подразумевает отдельные файлы C ++.Вы можете использовать #include def.cpp, но я считаю, что это довольно странно и потребует использования файла, отличного от исходного в пакете.Однако мне действительно интересно, почему вы хотите получить исходный файл, когда вы уже собираете пакет из набора файлов.