Вы можете использовать reactive
с кнопкой загрузки файла для сохранения данных и вызывать их в каждой renderPlot
функции:
И вы должны вставить свой код, что вы уже сделали, в Stack Overflow, вам будет легче помочь:
df<-reactive({ read.csv(path) })
# call the csv file with df() rather than df when you use reactive to store it
output$plot1<-renderPlot({plot(df()[,1])})
output$plot2<-renderPlot({plot(df()[,2])})
как-то так