YouTube не «блокирует» какие-либо теги - когда вы встраиваете видео YouTube, вы контролируете HTML, который вы используете для его встраивания. Вы можете добавлять любые дополнительные параметры, которые вам нравятся.
Тем не менее, использование wmode = transparent - плохая идея, так как это снизит производительность SWF.
Использование wmode = opaque немного поможет, но все же не так хорошо, как не указание wmode (оставляя его по умолчанию, то есть «window»).
Если вы установите для него значение «непрозрачное», то вы сможете размещать HTML-элементы поверх видео, и это должно работать в большинстве браузеров, но могут иметь проблемы с определенными браузерами в Linux или если у пользователя более старый версия флеш плеера.