Вы не найдете эффективную версию в (чистом) Python.
Python довольно дорог в работе со сложными структурами данных, такими как R-дерево. По причинам эффективности они лучше реализованы в Cython или даже на чистом C и используются только из Python. Вы можете легко найти некоторые библиотеки для этого с DuckDuckGo.