Запуск qsub в среде анаконды

Question

У меня есть программа, которая обычно запускается в среде conda в Linux, потому что я использую ее для управления своими библиотеками, с такими инструкциями:

source activate my_environment
python hello_world.py

Как мне запустить hello_world.py на старшем компьютере, который работает с PBS.Инструкции объясняют, как выполнить адаптацию кода script.sh , показанного ниже, и вызов с инструкцией qsub .

# script.sh
#!/bin/sh
#PBS -S /bin/sh
#PBS -N job_example
#PBS -l select=24
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec ./programa_mpi

Как запустить hello_world.py сqsub используя мою среду анаконды?

Answer 1

Вам необходимо загрузить модуль Python перед активацией среды и перед запуском скрипта.

module load python3

cd $PBS_O_WORKDIR
source activate my_environment

mpiexec python hello_world.py

Проверьте документацию для своего учреждения относительно их модулей Python.В моем учреждении Anaconda была модулем среды для Python3, поэтому вы можете загрузить его, как я показал.