Если вы используете регулярные выражения, вам нужно будет экранировать все специальные символы ...
<\?php include \$_SERVER\["DOCUMENT_ROOT"\]\."/articles/[^a-z]+/footer\.php"; \?>
до
<?php include \$_SERVER["DOCUMENT_ROOT"]."/includes/class/footer.php"; ?>
ПРИМЕЧАНИЕ : я изменил a-z для соответствия нескольким символам. Если вам нужен только один не-z-символ, уберите +