Вам не нужно ограничение, оно подразумевается в языке.
У вас есть индивидуальный A, студент и индивидуальный B, курс.
Если вы попытаетесь указать, что A зачислен в B дважды, у вас есть две аксиомы:
A isEnrolledIn B
A isEnrolledIn B
Онтологии OWL представляют собой / наборы / аксиом, поэтому две аксиомы исчезают и остается только одна.