Используйте магию %cd, чтобы переключиться на любой каталог, в котором хранятся файлы, а затем используйте команды оболочки для их удаления.
Например, если у вас есть файл в /content/directory/a.png, запустите:
%cd /content/directory
!rm a.png
Если вы хотите удалить все .png файлы, настройте команду rm следующим образом: !rm *.png.