ImportError: нет модуля с именем «Cython» при установке требований на сервере readthedocs

Question

Я хотел бы использовать расширение, чтобы автоматически генерировать вывод примеров в фрагментах кода для readthedocs.Я нашел модуль, который делает это, sphinx-autorun.Однако, когда я пытаюсь установить все модули, требуемые моим пакетом (в требованиях для readthedocs), я получаю сообщение об ошибке в журнале сборки readthedocs, а именно:

Complete output from command python setup.py egg_info:
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/tmp/pip-build-tsfmsady/clustertree/setup.py", line 6, in <module>
    from Cython.Build import cythonize
ImportError: No module named 'Cython' 

Любые советы о том, как это исправить?У меня установлены следующие опции:

Answer 1

У меня сработала сборка на основе conda.

Вы можете поместить файл readthedocs.yml в корневую папку вашего репозитория (не в папку с документами):

requirements_file:
  docs/requirements.txt

conda:
    file: environment.yml

My conda environment.yml:

channels:
- conda-forge
- bioconda
- r
- jkroes
dependencies:
- cython
- python=3.6
- numpy
- pandas
- sphinx-autorun=1.1.0=py36h5809654_0

Вы можете даже иметь pip-секцию в conda yaml:

channels:
- conda-forge
- bioconda
- r
- jkroes
dependencies:
- cython
- python=3.6
- numpy
- pandas
- pip:
    - clustertree
    - pyranges
    - sphinx_autorun_ebs
    - pyrle
    - sorted_nearest