Я хочу сопоставить идентификатор essemble с данными и заменить его на соответствующие идентификаторы, используя R - PullRequest
Новая
       25

Я хочу сопоставить идентификатор essemble с данными и заменить его на соответствующие идентификаторы, используя R

0 голосов
/ 24 января 2019

Здесь у меня есть два набора данных 1. TABLE2 ---- выглядит как 

essemble    Entry   Entry name
ENSP00000011292 P15085  CBPA1
ENSP00000166534 O15460  P4HA2
ENSP00000179259 Q9NQ88  TIGAR
ENSP00000196061 Q02809  PLOD1
ENSP00000196371 P55809  SCOT1
ENSP00000205402 P09622  DLDH
ENSP00000216780 Q16822  PCKGM
ENSP00000216951 P48637  GSHB
ENSP00000217961 P08842  STS
ENSP00000221476 P06732  KCRM
ENSP00000222673 Q02218  ODO1
ENSP00000223127 O60568  PLOD3
ENSP00000226253 P09972  ALDOC
ENSP00000226299 P28838  AMPL
TABLE1 - второй набор данных выглядит следующим образом:

9606.ENSP00000011292 9606.ENSP00000011292 9606.ENSP00000011292 9606.ENSP00000166534 9606.ENSP00000166534 9606.ENSP000001963700000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000600000060000006000000610000060000006100011200112001120010100001-21000 910 '' '' '' 'по имени *1003*.ENSP00000196371 9606.ENSP00000196371 9606.ENSP00000196371 9606.ENSP00000205402 9606.ENSP00000205402 9606.ENSP00000205402 9606.ENSP00000205402 9606.ENSP00000216780 9606.ENSP00000216780 9606.ENSP00000216780 9606.ENSP00000216780 9606.ENSP00000216780 9606.ENSP00000216780 9606.ENSP00000216951 9606.ENSP00000216951

1008 *МОЙ ЗАПРОС --- Я хочу поместить данные TABLE2 в данные Table1, в которых я хочу заменить идентификатор в TABLE2 на имя записи в TABLE1

Я пытаюсь выполнить слияние, но из-за дублирования идентификаторов, присутствующих в данных, этоне будет работать должным образом.Я использую для цикла, но не работает код --- 

TABLE2 = unite(uniprot_EN_recon_protein, ess, c("h" , "essemble"), sep = ".", remove = TRUE)
ess_id = TABLE2[,1]
prot_name = TABLE2[,3]


result = data.frame(length(TABLE1))
for(i in 1:length(maine))
{
  c = TABLE1[i]
  d = grep(c  , ess_id)
  if(length(d) != 0)
  {

  result[i,1] = prot_name[d]
  }

}

Заранее спасибо

...