Распечатать вложенный элемент xml с помощью python etree - PullRequest
Новая
       43

Распечатать вложенный элемент xml с помощью python etree

0 голосов
/ 24 января 2019

Я пытаюсь создать скрипт для чтения XML-файла.Это мой первый раз, анализируя xml, и я делаю это, используя python с xml.etree.ElementTree.Раздел файла, который я хотел бы обработать, выглядит следующим образом: 

    <component>
        <section>
                <id root="42CB916B-BB58-44A0-B8D2-89B4B27F04DF" />
                <code code="34089-3" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.1" codeSystemName="LOINC" displayName="DESCRIPTION SECTION" />
                <title mediaType="text/x-hl7-title+xml">DESCRIPTION</title>
                <text>
                        <paragraph>Renese<sup>®</sup> is designated generically as polythiazide, and chemically as 2<content styleCode="italics">H</content>-1,2,4-Benzothiadiazine-7-sulfonamide, 6-chloro-3,4-dihydro-2-methyl-3-[[(2,2,2-trifluoroethyl)thio]methyl]-, 1,1-dioxide. It is a white crystalline substance, insoluble in water but readily soluble in alkaline solution.</paragraph>
                        <paragraph>Inert Ingredients: dibasic calcium phosphate; lactose; magnesium stearate; polyethylene glycol; sodium lauryl sulfate; starch; vanillin. The 2 mg tablets also contain: Yellow 6; Yellow 10.</paragraph>
                </text>
                <effectiveTime value="20051214" />
        </section>
</component>    
<component>
        <section>
               <id root="CF5D392D-F637-417C-810A-7F0B3773264F" />
               <code code="42229-5" codeSystem="2.16.840.1.113883.6.1" codeSystemName="LOINC" displayName="SPL UNCLASSIFIED SECTION" />
               <title mediaType="text/x-hl7-title+xml">ACTION</title>
               <text>
                        <paragraph>The mechanism of action results in an interference with the renal tubular mechanism of electrolyte reabsorption. At maximal therapeutic dosage all thiazides are approximately equal in their diuretic potency. The mechanism whereby thiazides function in the control of hypertension is unknown.</paragraph>
                </text>
                <effectiveTime value="20051214" />
                </section>
</component>

Полный файл можно загрузить с:

https://dailymed.nlm.nih.gov/dailymed/getFile.cfm?setid=abd6ecf0-dc8e-41de-89f2-1e36ed9d6535&type=zip&name=Renese

Вот мой код:

import xml.etree.ElementTree as ElementTree
import re

with open("ABD6ECF0-DC8E-41DE-89F2-1E36ED9D6535.xml") as f:
    xmlstring = f.read()

# Remove the default namespace definition (xmlns="http://some/namespace")
xmlstring = re.sub(r'\sxmlns="[^"]+"', '', xmlstring, count=1)

tree = ElementTree.fromstring(xmlstring)

for title in tree.iter('title'):
     print(title.text)

Пока я могу печатать заголовки, но я хотел бы также напечатать соответствующий текст, содержащийся в тегах.

Я пробовал это: 

for title in tree.iter('title'):
     print(title.text)
     for paragraph in title.iter('paragraph'):
         print(paragraph.text)

Но у меня нет вывода из параграфазаголовок найден в структуре xml.

Я хотел бы найти способ 1) определить заголовок;2) распечатать соответствующий абзац (ы).Как я могу это сделать?

1 Ответ

0 голосов
/ 24 января 2019

Если вы хотите использовать lxml, то ниже приведено решение, использующее XPath: 

import re
from lxml.etree import fromstring


with open("ABD6ECF0-DC8E-41DE-89F2-1E36ED9D6535.xml") as f:
    xmlstring = f.read()

xmlstring = re.sub(r'\sxmlns="[^"]+"', '', xmlstring, count=1)

doc = fromstring(xmlstring.encode())  # lxml only accepts bytes input, hence we encode

for title in doc.xpath('//title'):  # for all title nodes
     title_text = title.xpath('./text()')  # get text value of the node

     # get all text values of the paragraph nodes that appear lower (//paragraph)
     # in the hierarchy than the parent (..) of <title>
     paragraphs_for_title = title.xpath('..//paragraph/text()')

     print(title_text[0] if title_text else '') 
     for paragraph in paragraphs_for_title: 
         print(paragraph)
...