udunits2 R установить: udunits2.h не найден

Question

Я пытаюсь установить udunits2 в R, чтобы удовлетворить зависимость для пакета ggforce.Тем не менее, установщик продолжает сбой при проверке udunits2.Я пробовал инструкции в этом (udunits 2 devel установлен как показано здесь .) И этом потоке, который выдает тот же результат как пытаясь install.packages('udunits2').

Я смог заставить его работать на моей машине Mint, просто установив udunits2-dev, однако я довольно новичок в Fedora и не уверен, что является причиной этого.

Информация о системе:

Fedora 28, R-3.4.4

РЕДАКТИРОВАТЬ

Ошибка вывода при попытке установить с помощью install.packages("udunits2", configure.args = "--with-udunits2-lib=/usr/bin/udunits2"):

* installing *source* package ‘udunits2’ ...
** package ‘udunits2’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for gcc... gcc -m64
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables... 
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc -m64 accepts -g... yes
checking for gcc -m64 option to accept ISO C89... none needed
checking for XML_ParserCreate in -lexpat... yes
checking how to run the C preprocessor... gcc -m64 -E
checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep
checking for egrep... /usr/bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking udunits2.h usability... no
checking udunits2.h presence... no
checking for udunits2.h... no
checking for ut_read_xml in -ludunits2... yes
-----Error: udunits2.h not found-----
     If the udunits2 library is installed in a non-standard location,
     use --configure-args='--with-udunits2-lib=/usr/local/lib' for example,
     or --configure-args='--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2'
     replacing paths with appropriate values for your installation.
     You can alternatively use the UDUNITS2_INCLUDE and UDUNITS2_LIB
     environment variables.
     If udunits2 is not installed, please install it.
     It is required for this package.

Answer 1

Получить исходный код для udunits2 с веб-сайта: ftp: //ftp.unidata.ucar.edu/pub/udunits

Скачать, скомпилировать и установить udunits2:

# Download the library
wget ftp://ftp.unidata.ucar.edu/pub/udunits/udunits-2.2.26.tar.gz

# Decompress the archive
tar xf udunits-2.2.26.tar.gz

# Configure the build for your system
./configure prefix=$HOME/.local

# Use 4 jobs to build quickly
make -j 4

# Install to our prefix
make install

Начните новый сеанс R и установите пакет udunits2 R:

(Обязательно измените $HOME на свой фактический домашний путь)

install.packages(
  "udunits2",
   configure.args = '--with-udunits2-include=$HOME/.local/include/'
)

Проверено на этой системе:

R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Red Hat Enterprise Linux Server release 6.5 (Santiago)

Answer 2

Как пользователь сервера суперкомпьютера без разрешения sudo yum , я обнаружил, что установка udunits2-devel довольно сложна.В качестве альтернативы я нашел spack https://spack.readthedocs.io/en/latest/basic_usage.html весьма полезным для установки пакетов udunits2 & unit R:

spack install r-udunits2
spack install r-units

Spack автоматически установит зависимые пакеты, и мне не нужно устанавливать udunits2-devel самостоятельно.Так как я установил пакет unit R для пакета ggforce R, а ggforce не может быть установлен с помощью spack, мне нужно загрузить модули перед вводом R, а затем установить ggforce:

$source <(spack module tcl loads r-units)
$source <(spack module tcl loads r-udunits2)
$R
>install.packages("ggforce")

и все работало хорошо.

Answer 3

В Fedora файл заголовка установлен в /usr/include/udunits2, c.f. это выпуск Github . Решение при условии:

sudo yum install udunits2-devel

Далее:

install.packages("udunits2",configure.args='--with-udunits2-include=/usr/include/udunits2/')