Немного поздно, но предложение: вы можете создавать tar-архивы, содержащие символические ссылки из командной строки Windows, используя cygwin.
$ ln -s abc def
$ tar cf test.tar abc def
$ tar tvf test.tar
-rw-r--r-- shegny/Domain Users 0 2013-04-26 10:25 abc
lrwxrwxrwx shegny/Domain Users 0 2013-04-26 10:25 def -> abc