Он также скомпилирует другой файл .py со строками base64.
PyInstaller проверяет операторы импорта в вашем коде и автоматически компилирует все модули, которые использует ваш код. Если вы используете что-то хитрое, например, динамический импорт, то это может не всегда работать, но для обычного импорта вам не понадобится какая-либо специальная конфигурация. Взгляните на документы PyInstaller на тему «поиск файлов, необходимых вашей программе» для получения более подробной информации.
На самом деле вы также можете разбить свой основной файл Tkinter на несколько модулей, чтобы упростить его поддержку, если вы того пожелаете.